بعد انتهاء الجزء الاول من ابطال الديجيتال عادت القاعدة لترسل قلائد من نوع متطور و جديد لخمس أبطال هم: سليم - وسيم - هاني - هند - سلمى
يدخل هؤلاء الابطال اللعبة عبر بوابة العالم الرقمي حيث يلتقي كل منهم مرافقه الرقمي فيحصل سليم على مرافقه أزرق وهاني على سلحوف و سلمى على على مرافقها صقر أما وسيم و هند فيبقيان على مرافقيهم الذين حصلا عليهما في الجزء الاول فتستعيد هند خرموش ويستعيد وسيم صدى
تبدأ مهمة الابطال في هذا الجزء بالقضاء على الامبراطور الشرير و تدمير أبراج الظلام ويكون الامبراطور قد نشرها على نطاق واسع وسيطر على عدد كبير من الوحوش باستخدام الأساور الممغنطة تبدأ المعارك ففي كل يوم يعود الابطال الى العالم الرقمي ليدمروا الابراج وفي كل مرة يكون تدميرها أصعب بسبب الوحوش التي تحرسها
في يوم وعندما يعود الابطال الى العالم الرقمي يكتشفون الى الامبراطور قد أستعدى وحشا جديدا وعملاقا ذا قوى تدميرية هائلة اسمه " بركان "
يستعمل الابطال كل قواهم لتدمير هذا الوحش لكن محاولتهم كانت تفشل دائما فأضطر الابطال الى الدخول الى قلعة الامبراطور لمحاولة معرفة نقاط ضعف هذا الوحش وفي داخل القلعة يستطيع سليم الحصول على مقاتل جديد اسمه " بريق " بتدمير بركان وبعدها يخسر الامبراطور يزن قلعته ويكتشف أنه مخطأ فيعود وينضم الى أبطال الديجيتال
تحاول شعشبونة وهي الشريرة التي أجبرت يزن "الامبراطور" على القيام ببناء أبراج الظلام و زرعت في قلبه قوة الشر باستدعاء عدة وحوش في محاولة فاشلة للقضاء على أبطال الديجيتال لكنهم يقضون عليها كلها
الا أنها في النهاية تستدعي وحشا اسمه جلمود الاسود الذي يقوم بمواجهة أبطال الديجيتال في عدة معارك يهزمهم فيها ويقضي على الصخور المشعة التي تؤمن التوازن للعالم الرقمي و لكن أبطال الديجيتال يستعملون مقاتلي المستوى الاقصى للقضاء على جلمود الأسود ولكن جلمود الأسود يعرف أنه مخطأ وينضم الى حماة العام الرقمي
و لكن الشريرة شعشبونة لا تستسلم بل تقوم باستعداء هذه المرة الى العالم الحقيقي حيث تدور العديد من المعارك يفوز أبطال الديجيتال
3. جلمود الاسود : وحش قوي مصنوع من مئة برج ظلام ودمر سته صخور مشعة ولكن الصخر الاخير لم يدمرها و أصبح واحد من حماة العالم الرقمي ولكن قضى عليه شاهر ولكن جلمود أغلق البوابة معه
6. ضبوع : وحش قوي حاربه الأبطال وحاول السيطرة على العالمان ولكن أبطال الديجيتال في كل العالم رفعوا الأدوات ومنعوه و الاولاد الذي زرع فيهم خلايا الظلام بدوا بالتمني وعرفوا معنى الحياة وبهذه الطريقة قضى على ضبوع و أنقاذ العالم الرقمي
